Программа установки Windows 2000 помещает в корневой каталог системного раздела файл Boot.ini, формат и опции которого были рассмотрены в предыдущих разделах. Как и в Windows NT 4.0, этот файл получает атрибуты "только чтение" (Read Only), "системный" (System) и "скрытый" (Hidden). Однако в Windows 2000 появилось новое понятие — защищаемые файлы операционной системы (protected operating system files), которые иногда называются "суперскрытыми" (super hidden). К ним относятся все файлы, необходимые для запуска операционной системы. По этой причине ни один пользователь, даже администратор, раскрыв после инсталляции системы корневой каталог системного раздела с помощью Проводника, не увидит ни файла NTLDR, ни файла Ntdetect.com, ни файла Boot.ini.